Zebrane nasiona nie nadają się zazwyczaj do bezpośredniego składowania, należy je przedtem doczyścić, schłodzić i często także dosuszyć. Nasiona rzepaku znacznie trudniej składować niż ziarno zbóż. Należy je przechowywać tylko w magazynach do tego zaprojektowanych, wyposażonych w m.in. w wentylatory znacznie bardziej wydajne niż w magazynach zbożowych, w urządzenia do schładzania, a także system czujników wilgotności i temperatury.
Czystość maszyn żniwnych i transportowych
Zarówno kombajn, jak i środki transportu należy przed żniwami odpowiednio przygotować. Muszą być sprawne technicznie, ale również dokładnie doczyszczone, ponieważ między kolejnymi żniwami na resztkach rzepaku znajdującego się wewnątrz kombajnu mogą zagnieździć się różne szkodniki. Nie usunięte z pierwszym pokosem trafią do magazynu. Również środki transportu, którymi przewozi się nasiona rzepaku należy doczyścić.
Czystość w magazynie
Magazyn przed przyjęciem surowca musi być obowiązkowo doczyszczony. Dlatego należy wykonać następujące czynności:
Jeżeli zaniechamy sprzątania magazynu może się to odbić negatywnie na stanie przechowywanego surowca. Regularne sprzątanie powierzchni magazynowych musi być prowadzone w trakcie całego okresu magazynowania surowca. Teren wokół pomieszczeń magazynowych powinien być oświetlony, wyrównany, utwardzony i dobrze zdrenowany.
Doczyścić składowany surowiec
Przed magazynowaniem należy dokładnie doczyścić nasiona rzepaku, szczególnie z zanieczyszczeń organicznych (fragmentów roślin, nasion chwastów i innych roślin uprawnych, zarodników grzybów, owadów pochodzących z pola). Wpływa to na bezpieczne magazynowanie oraz na wyrównanie temperatury i wilgotności w całym złożu.
Należy również unikać przechowywania nowej partii rzepaku na warstwie nasion z zeszłego sezonu, ponieważ stwarza to ryzyko przenoszenia chorób i szkodników.
Szkodniki w magazynie
Nasiona rzepaku uważane były za surowiec wolny od szkodników. Stały się one jednak bardziej atrakcyjne dla szkodników magazynowych poprzez postęp hodowlany, który wpłynął znacząco na poprawę parametrów fizycznych i chemicznych tych nasion.
Szkodniki magazynowe powodują straty bezpośrednie i pośrednie. Do bezpośrednich należy ubytek magazynowego surowca w wyniku żerowania, a pośrednie to straty powodujące pogorszenie jakości surowca na skutek obecności szkodników i prowadzonych przez nie procesów życiowych. Żerujące szkodniki zanieczyszczają surowiec wydzielinami, wydalinami, wylinkami, fragmentami ciał i martwymi osobnikami. Powodują one również zawilgocenie i zagrzewanie się nasion rzepaku, przez co pogarszają się warunki dalszego ich składowania. Skutkiem żerowania szkodników mogą być również zmiany organoleptyczne, takie jak gorzknienie, jełczenie, kwaśnienie i zmiana barwy nasion
Większość szkodników w magazynowanym rzepaku występuje w wierzchniej warstwie złoża. Największym problemem w magazynach stanowią roztocza, które mogą zasiedlać złoże w dowolnym miejscu i w całym profilu. Roztocza zawsze preferują miejsca o podwyższonej wilgotności.
Zwalczanie szkodników magazynowych
Zgodnie z zasadami obowiązującej integrowanej ochrony, nad chemiczne metody zwalczania szkodników należy przedkładać metody niechemiczne. Schładzanie i dosuszanie surowca sprawdza się w przypadku nasion rzepaku. Pierwszy zabieg spowalnia rozwój szkodników, a drugi ogranicza ich liczebność, szczególnie roztoczy.
Jeżeli metody niechemiczne są niewystarczające, pozostaje zwalczanie chemiczne. Zabieg taki, należy zlecić profesjonalnej firmie DDD, ze względu na to, że są to środki bardzo silnie trujące. Podczas stosowania tych preparatów (fumigantów) powstaje fosforowodór, który jest gazem bezbarwnym, silnie trującym zarówno dla zwierząt, jak i ludzi. Należy również zlecić takiej firmie odwietrzenie surowca i pomieszczeń po zbiegu fumigacji.